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虚开增值税专用发票罪的量刑分为三个档次：三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。

而根据最高人民法院《关于虚开增值税专用发票定罪量刑标准有关问题的通知》（以上简称《通知》）的规定，三个档次的犯罪数额分别为：虚开税款数额五万以上不满五十万元；五十万元以上不满二百五十万元；二百五十万元以上。但是，由于虚开增值税专用发票罪尚未被列入最高人民法院《关于常见犯罪的量刑指导意见》的常见罪名，导致了部分法院出现同样犯罪数额、同样的量刑情节，出现不同的判决结果，造成了虚开增值税专用发票罪的量刑失衡。

因此，法院在量刑时应当依据《量刑指导意见》的一般规定进行确定, 量刑的步骤为：“基本犯罪构成事实”用以确定量刑起点； “其他影响量刑的犯罪构成事实”用以在量刑起点的基础上确定基准刑； “犯罪构成事实以外的量刑情节”用以调节基准刑。例如，在一起虚开税款数额为120万元的虚开增值税专用发票案中，根据《通知》的规定，虚开税款数额50万元作为基本犯罪构成事实, 应在三年以上十年以下有期徒刑的幅度内确定量刑起点, 之后应当用120万元减去50万元所得的70万元作为“其他影响犯罪构成的犯罪事实”, 用以确定基准刑，然后再根据“犯罪构成事实以外的量刑情节”，如自首、从犯等情节调节基准刑，《量刑指导意见》规定，对于从犯，减少基准刑的20%-50%,犯罪较轻的，减少基准刑的50%以上或者依法免除处罚。