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方式一：直接转让不动产

该方式下，转让方需要缴纳增值税、土地增值税、企业所得税等，无任何税收优惠。

方式二：整体产权转让

方式三、先分立再股权转让

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土地增值税

分立环节：不征收。《财政部 国家税务总局关于企业改制重组有关土地增值税政策的通知》（财税[2015]5号）：按照法律规定或者合同约定，企业分设为两个或两个以上与原企业投资主体相同的企业，对原企业将国有土地、房屋权属转移、变更到分立后的企业，暂不征土地增值税。

股权转让环节：有可能被征收土地增值税。

依据

国家税务总局批复（国税函[2000]687号）如下：鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业开发有限公司100％的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。

国税函[2009]387号：鉴于广西玉柴营销有限公司在2007年10月30日将房地产作价入股后，于2007年12月6日、18日办理了房地产过户手续，同月25日即将股权进行了转让，且股权转让金额等同于房地产的评估值。因此，我局认为这一行为实质上是房地产交易行为，应按规定征收土地增值税。

国税函[2011]415号：经研究，同意你局关于“北京国泰恒生投资有限公司利用股权转让方式让渡土地使用权，实质是房地产交易行为”的认定，应依照《土地增值税暂行条例》的规定，征收土地增值税。

但是，国家税务总局的批复不属于税务规章、税务规范性文件，只是针对特定案例，不具有普适性，按照税收法定原则，不可将其作为征税依据。

因此，该方式与方式二相比，同样可以不征税增值税，但是否征收土地增值税需要看当地税务机关的执行口径。

方案综合评价

一般不建议采取直接转让不动产的方式，税负成本过高。

方式二整体产权转让方式操作简单方便，耗时较短，不征增值税，但会被税务局征收土地增值税。

方式三先分立后转让，不征增值税，理想情况下也可能无需缴纳土地增值税，但耗时较长。综上，建议综合比较税负成本和时间成本后，择优选取。