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关联公司注销员工合同是指在一个公司与其关联公司之间存在着员工调动或者员工共享等关联关系时，当其中一个公司需要解除员工合同时，需要与关联公司协商注销员工合同。以下是员工合同注销的具体流程与注意事项。

一、员工合同注销的流程

1. 协商会议关联公司需要召开协商会议，与对方公司进行协商，商定员工合同解除的具体事宜。

2. 签署协议在协商会议上，双方需要签署员工合同解除协议，明确员工离开的原因、解除日期、离职待遇等具体事项。

3. 通知员工公司需要及时通知员工，告知其员工合同已经解除，以及离职的具体时间等事项。

4. 离职手续员工在离职前需要完成公司规定的离职手续，包括交接工作、清理个人物品、领取离职证明等等。

5. 给予离职补偿根据员工合同解除协议的约定，公司需要给予员工相应的离职补偿，如工资、社保、年假等等。

二、员工合同注销的注意事项

1. 合法合规员工合同解除需要符合法律法规的规定，否则将面临法律风险。

2. 协商一致员工合同解除需要双方协商一致，不能单方面解除员工合同。

3. 离职补偿员工合同解除协议需要明确离职补偿的具体内容，以免引起纠纷。

4. 通知到位公司需要及时通知员工，告知其员工合同已经解除，以及离职的具体时间等事项，以免给员工带来困扰。

5. 完成离职手续员工在离职前需要完成公司规定的离职手续，否则可能影响员工福利待遇。

总之，关联公司注销员工合同需要遵循合法合规、协商一致、离职补偿、通知到位、完成离职手续等原则，以保证员工的合法权益并避免公司的法律风险。